开门见山：
GWAS
- GWAS：原理与目的 - 简书
- GWAS：流程与试验设计 - 简书
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GWAS：表型鉴定与记录的基本原则和原始数据处理 - 简书
3.1 GWAS：最佳线性无偏估计量——BLUE值计算（多年单点有重复） - 简书
3.2 GWAS和GS使用BLUE值还是BLUP值作为表型值?_多年多点数据one-stage gwas分析-CSDN博客
3.3 科学网—混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 - 邓飞的博文
3.4 GWAS：遗传力计算 - 简书 -
GWAS：标记的开发和分型 - 简书
4.1 基因型数据描述性统计 - 简书 - GWAS：群体结构——Admixture - 简书
- GWAS：主成分分析——GCTA - 简书
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GWAS：系统进化树——MEGA - 简书
7.1 GWAS：系统进化树美化——ITOL - 简书 - GWAS：亲缘关系——TASSEL&GCTA - 简书
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GWAS：关联分析 - 简书
9.1 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM) - 简书
9.2 GWAS：关联分析——EMMAX - 简书
9.3 GWAS：显著性阈值确定——GEC - 简书
9.4 GWAS：显著SNP筛选及曼哈顿图绘制 - 简书 - GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay - 简书
- GWAS：确定候选区间 - 简书
- GWAS：候选基因挖掘 - 简书
- CMplot报错missing value where TRUE/FALSE needed - 简书
- GWAS: 全基因组关联分析全流程 - 简书
- Genome-wide Association Studies (5cu)
- 一文详解基因组denovo组装原理和实战
- QTL定位与全基因组关联分析(GWAS)-CSDN博客
单倍型分析
1. 单倍型分析 - 简书
2. 2022《Molecular Plant》同源四倍体马铃薯单倍型分型和四倍体遗传 - 简书
3. 基于Vcf文件进行基因单倍型分析 - 简书
4. 单倍型haplotype 及GWAS研究 - 简书
5. Cell文章 中单倍型的地理分布图绘制步骤之数据下载 - 简书
6. Cell文章 中单倍型的地理分布图绘制步骤之地图绘制 - 简书
7. SNP x SNP 上位效应（epistasis）分析 - 简书
8. 数量遗传学笔记—基因（加性、显性、上位性）效应 - 简书
9. 从入门到出家：单倍型Haploview分析（万字详解） - 知乎
10. 从零开始进行单倍型分析之理论基础篇-CSDN博客
eQTL 分析
1. 表达数量性状位点（eQTL）的概念及其相关分析原理 - 知乎
2. 利用“MatrixEQTL”包进行eQTL实战分析 - 知乎
3. Post-GWAS: eQTL、mQTL共定位分析(SMR) - 知乎
4. 文献解读--通过RNA测序解析玉米籽粒复杂的调控网络 - 简书
5. eQTLs play critical roles in regulating gene expression and identifying key regulators in rice
6. Integration of eQTL Analysis and GWAS Highlights Regulation Networks in Cotton under Stress Condition
7. Revealing the architecture of gene regulation: the promise of eQTL studies
8. Whole-organism eQTL mapping at cellular resolution with single-cell sequencing
9. Combined GWAS and eQTL analysis uncovers a genetic regulatory network orchestrating the initiation of secondary cell wall development in cotton
10. Single cell eQTL analysis identifies cell type-specific genetic control of gene expression in fibroblasts and reprogrammed induced pluripotent stem cells
大佬list
https://github.com/mdozmorov/scRNA-seq_notes