冰火大战后，太乙真人用莲花为哪吒、敖丙重塑肉身。在术法快完成时，龙族来犯陈塘关。东海龙王在申公豹和其他三个使坏的龙王撺掇下，以为儿子死了，势要血洗陈塘关。为了阻止父亲，敖丙肉身再次被毁。在莲花还没修复的时间里，敖丙的元魂需要附在哪吒的肉身里，一体双魂。哪吒平时还是自己的样子，只是可以听见身体里敖丙的声音。但当敖丙的意志大于哪吒，就可以掌控哪吒的身体。这个时候，哪吒的脸没了黑眼圈，会变得浓眉大眼，相貌端正。
为了拿到玉虚宫的琼浆玉液修补莲花，给敖丙重新做肉身。哪吒需要参加玉虚宫的升仙考试——与申公豹的父亲申正道的打斗较量也只是升仙的一道考题，在打斗过程中哪吒本也没有要赶尽杀绝，不知为何申正道竟然自断一臂，却正好被赶来的申小豹看见，误以为是哪吒伤了他父亲。愤怒的申小豹开始疯狂报复，想要为父亲报仇。
虽然哪吒一再阻拦，但鹿童却手持弓箭，不依不饶的射杀申正道父子。申正道为了儿子的性命，只能带着申小豹仓皇逃离。申小豹在父亲的掩护下虽身受重伤，但总算逃得一命，跑到陈塘关给哥哥申公豹报信。申公豹一听父亲被哪吒所伤，立刻暴怒，在西海龙王为首的众龙族诸妖兽的帮助下血洗陈塘关，终酿大祸。
哪吒三战三胜，终于升仙成功，无量仙翁赐予哪吒绿色玉牌，还给哪吒施以咒术，这个咒术其实是无量仙翁控制哪吒的咒术，但当时除了无量仙翁没人知道，在此其实为后来敌我双方对峙埋下了伏笔。升仙成功的哪吒终于可以如愿拿到玉露琼浆了，无量仙翁问他可有别的宝物想要，他断然拒绝，只要玉露琼浆，因为他做这一切都是为了拿到玉露琼浆去救他的好友敖丙。
当太乙真人把玉露琼浆撒到枯死的莲花上后，莲花立刻恢复如初，敖丙终于有救了。本来挺开心的，谁知道高高兴兴回到陈塘关的哪吒他们，眼前只剩一片废墟，没有了任何生命的迹象。想到父母乡亲惨死，哪吒的愤怒再也压抑不住，他急需要找人报仇雪恨，谁也拦防不住。敖丙不相信自己的父亲会置自己生死于不顾而水淹陈塘关，但哪吒已经听不进任何劝说，直奔龙宫找敖丙的父亲敖广报仇。
剧情正如无量仙翁所预期的那样向前发展，他希望借助魔童哪吒和灵珠敖丙的力量把世间所有妖魔都消灭，最后只剩他们仙界这一正统存活于世，一统三界，唯我独尊。
事情发展到此剧情进入高潮，本剧主题“哪吒之魔童闹海”正式展开。从一开始哪吒独闯东海挑战敖光，到后来太乙真人和被救活的敖丙带着侥幸存活的海夜叉赶到，告知真相，哪吒才庆幸地发现原来父母还活着。原来，李靖夫妇二人最后被申公豹变成泥人藏了起来，侥幸逃过一难。怎么也没想到，“大奸臣”申公豹竟然也会有心酸的时候。
如果事情发展到此，双方把话说开了握手言和多好啊，可惜有人不愿意。无量仙翁打着替天行道的旗号，带领众多天兵天将，并亲自带着能够关押人、魔、妖并用于炼制仙丹的神秘宝物——天元鼎直奔东海。
已经得知事情真相的哪吒和敖广他们，面对共同的敌人—无量仙翁和捉妖队，毅然决然选择联手，带领龙族和妖族，打破了天元鼎，打败了无量仙翁和捉妖队。
在与无量仙翁和捉妖队恶斗过程中，哪吒终于深刻领悟到深刻的人生道理，大声喊出“是妖是魔，那又如何？”这样振聋发聩的心声。
与《哪吒1》中哪吒对自己魔童身份的厌恶相比，《哪吒2》中哪吒历经诸多磨难，看到所谓“正道”代表的无量仙翁的阴狠毒辣、卑鄙无耻，也看到了所谓妖界的申正道、申小豹等妖兽的正直勇敢。尤其是眼看着母亲在自己怀抱里被天元鼎练成所谓“仙丹”，痛不欲生的哪吒，瞬间醍醐灌顶、脱胎换骨、浴火重生。影片中小哪吒瞬间成长高大起来，变得顶天立地。他已不再纠结自己的身份，“是妖？是魔？那又如何？”！
影片最后，无量仙翁本已被哪吒他们打的鼻青脸肿，最后又被自己身边的两个仙童鹿童和鹤童揍的更加惨不忍睹。由此可见，无量仙翁的所作所为其实早已不得人心，只不过迫于他的身份、地位和功夫不敢造次而已。
该影片深刻揭示了一个道理：哪里有压迫，哪里就会有反抗。哪吒是这样，敖广是这样，申公豹更是这样。仔细追究，被锁在东海里的由敖广看管的其他几个龙王和诸小妖又有哪个不是如此呢？他们不甘心终生被锁在东海失去自由，为了自由，他们不得不奋起反抗。因为共同的敌人，也因为有共同的目标，所以他们才能在生死存亡的关键时刻联手，一举击败敌人，大获全胜。